２０世紀初頭、西暦１９０７年。
　私たちの知るものとは異なる時代、私たちの知るものとは異なる歴史を歩んだそこには、無数の蒸気機関が充ちていた。異常発達した蒸気文明が生み出す排煙は見る間に天を埋め尽くし、人々から青空を奪い去った。

　中でも、最も空が暗いとされる場所があった。
　永劫に続く灰色雲と雨に覆われた廃墟、旧･重機関都市ニューヨーク。
　５年前に発生した《大消失》と呼ばれる原因不明の災害によって全土が廃墟と化したかつての摩天楼、合衆国政府によって完全封鎖され、現在では人影のひとつもないその都市へと、ひとりの女・エリシアが足を踏み入れる。ひとつの目的を持って。
　災害の中心地とされる旧マンハッタンへと向かって、女は静かに歩み始める。

　一方で──

　旧・重機関都市ニューヨークの“地下”とされる場所があった。
　地上の誰ひとりとして、その存在を知る者はいない。
　薄暗い紫の灯りに照らされる広大な地下空間。そこには、５年前に消失した摩天楼の街並みが存在していた。ただし、大いなる歪みを伴って。異形へと歪み、黒色と紫影に染められた、出口のないその地下世界《アンダーグラウンド・ニューヨーク》には、消え去ったはずの人々が確かに存在していた。

　７体の《御使い》と呼ばれる怪物の足音に怯えながら。
　７体の《御使い》と呼ばれる怪物がもたらす恐怖と苦痛と死に耐えながら。
　人々は、歪みの地下都市の中で、何かを待ち続けるかのように留まり続けていた。

　そこへ、ひとりの少女・リリィが足を踏み入れる。
　記憶の一切を持たずに。
　リリィにとって、わかっていることはひとつだけ。
　理由はわからない。何があるのか、誰がいるのか。なぜ、そう自分が思うのかも。
　それでも、たったひとつだけ。

　「マンハッタン。紫色の空の果て」
　「あそこに。あたしは、いいえ、あたしだけは、行かないといけない」

　──少女は目指す。遙か彼方の紫影の塔を。
　──想い遺した人々の儚い影に、触れ続けながら。涙を、我知らず流しながら。